O Windows 8.1 atualiza automaticamente os aplicativos por padrão, portanto, não haverá notificações de atualização. Você pode desativar isso em Configurações no aplicativo da Windows Store.
Depois de atualizar um dos meus laptops com o Windows 8 a 8.1 pré-instalado em novembro de 2013, detectei que o bloco Store na tela inicial nunca exibiu a contagem de atualizações. Não tenho muitos aplicativos Metro instalados por terceiros nesse computador, mas, pelo que me lembro, esse bloco indicou 1-2 atualizações disponíveis pelo menos a cada duas semanas quando eu estava trabalhando com o Windows 8 durante todo o ano anterior.
O que pode estar errado?
FYI:
Consegui duplicar esse comportamento indo em Configurações - > Ladrilhos e clicando em Limpar informações pessoais dos blocos na tela "Iniciar". Depois de fazer isso, o número de atualizações não aparece na tela inicial.
Para reverter isso, no aplicativo da loja, acesse Permissões e ative e desative as notificações. Na minha máquina 8.1, isso reativou o número de atualização exibido na tela inicial.