Se você limpasse sua unidade C: e a instalação do Windows, você pode ser capaz de usar os programas em sua unidade E :. Tudo depende de como esses programas foram escritos.
Alguns programas foram desenvolvidos sem a necessidade de entradas de registro ou arquivos de configuração que normalmente estariam localizados na unidade C :. No entanto, estes tendem a ser os programas mais simples, como editores de texto. Programas mais complexos exigirão esses objetos, no entanto, alguns programas os recriarão no lançamento se estiverem faltando. Normalmente, eles retornam às configurações padrão e todas as personalizações feitas desapareceriam.
Infelizmente, não há como saber quais programas podem funcionar dessa maneira, sem vasculhar manuais, fóruns, SU, etc ...
Você poderia criar imagens de backup em suas unidades C: e E: com CloneZilla e depois limpar sua unidade C: , faça uma instalação limpa e teste cada programa. Dependendo do número de aplicativos, isso pode demorar um pouco. Se ocorresse que muitos dos programas não funcionavam, você poderia restaurar seus drives C: e E:. Obviamente, restaurar C: retorna seu sistema operacional original, mas a restauração de E: restauraria todas as configurações que foram alteradas para a unidade E:
Agora, quanto a um programa para fazer isso por você, acredito que vários programas "instalador" e "desinstalador" são capazes de rastrear todas as mudanças durante a instalação de um programa e exportar essas configurações, no entanto eles não foram usados durante a instalação original. , você está provavelmente sem sorte.
No futuro, sugiro fazer várias imagens. Instale uma nova cópia do Windows e atualize-a. Então pegue uma imagem. Dessa forma, você sempre terá uma cópia limpa do Windows para restaurar. Isso é muito mais rápido que instalar. Em seguida, instale seus aplicativos, personalizações e atualizações. Então pegue outra imagem. Isso permite restaurar uma imagem com seu sistema operacional e aplicativos em um estado "limpo".