Um arquivo zip protegido por senha é realmente criptografado; não é apenas o aplicativo de descompactação ou o sistema operacional que "impõe" a senha.
No entanto, a criptografia zip padrão não é muito segura (veja É possível quebrar senhas ZIP? e Quão seguro é um arquivo zip protegido por senha do Windows? ) e é fácil obter um aplicativo de quebra de senhas.