Infelizmente, você não encontrará uma solução fácil. A pasta de inicialização é bastante burra e não tem configurabilidade.
Sua melhor aposta é modificar os atalhos na sua pasta de inicialização para executar um programa intermediário que determinaria se executaria ou não o aplicativo ... ou excluiria todos eles e passaria a usar tarefas agendadas que são executadas no logon.