Você pode usar argc() e argv() para encontrar os argumentos para o vim no seu vimrc e definir os autocmds de acordo. Então, para o primeiro, você poderia fazer algo assim para abrir o NERDTree somente se o primeiro argumento for .
if argc() == 1 && argv(0) == '.'
autocmd vimenter * NERDTree
endif
Para o monitor grande, eu acho que usar a variável shell seria a maneira correta de fazer isso, porque o vim acha que --large in vim --large é um argumento para vim não para o seu script. Eu não sei se há uma maneira de contornar isso.
Você pode fazer algo como vim -- . --large , mas o vim abre um buffer para um arquivo --large , que provavelmente não é o que você deseja.