Evernote parece atender às suas necessidades. Você pode até mesmo enviar um e-mail para ele, o que pode funcionar com seu fluxo de trabalho atual.
Por outro lado, você provavelmente pode continuar usando o Outlook da maneira que você faz, basta criar um arquivo / arquivo de dados local (.pst) e manter suas anotações lá. Na maioria das vezes, quando uma empresa aprova uma política de retenção de dados como essa, é para o e-mail armazenado no servidor. Um arquivo local provavelmente não será tocado.