Apenas o console do Windows (cmd.exe) trata M-RET dessa maneira; execute seu shell, e Emacs, em um emulador de terminal apropriado, como mintty ou rxvt , para resolver o problema e obter uma experiência muito mais agradável. ( mintty vem com o Cygwin por padrão e é consideravelmente melhor na minha experiência do que rxvt , xterm ou qualquer outro emulador de terminal disponível no gerenciador de pacotes Cygwin; diferentemente daquelas relíquias de uma era passada, mintty tem recursos praticamente iguais aos emuladores de terminal Linux modernos.)
Se você quer ser realmente chique, o que eu recomendo, então instale um servidor X - o Cygwin empacota um, e há também a versão Xming de terceiros; Eu tive resultados melhores com o Xming, mas não tentei o servidor X do Cygwin o tempo suficiente para que ele seja provavelmente tão bom - e execute o Emacs no modo gráfico, que não apenas resolve o problema M-RET , mas também lhe dá suporte adequado de cor e fonte.