Não, é apenas um aviso. Você provavelmente não causará nenhum problema ao transformar a prioridade de um processo para cima ou para baixo. E não haverá danos irreversíveis; qualquer coisa que você fizer, pode ser consertada por um reinício. Apenas certifique-se de salvar seu trabalho antes de experimentar!
Há algumas coisas comuns que podem dar errado (e, portanto, que você deve ficar atento):
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Você pode elevar a prioridade de um processo que não seja do sistema tão alto que pode tornar o sistema instável e não responsivo, porque os processos do sistema não recebem tempo suficiente.
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Você pode diminuir a prioridade de um processo do sistema de modo que ele não fique com tempo suficiente, fazendo com que seu sistema fique instável e não responda. (Embora eu ache que eles consertaram algo disso mais recentemente, impedindo que você altere a prioridade de certos processos do sistema "críticos").
Na minha experiência, assumindo uma máquina decentemente rápida e estável, contanto que você fique longe da opção "Tempo Real", você estará bem. A desativação do processo que não é do sistema no nível de prioridade é ainda menos provável de causar danos.