O problema é que o monodevelop tem muitas dependências que você precisará instalar manualmente (como em, sem pacotes, como você fez com o Mono), como:
- gtk-sharp (a ramificação 2-12)
- gnome-sharp
- mono-addins
E outros que talvez eu esteja esquecendo.
Se você realmente quer viver no limite, mas sem sofrer tanta dor, você deve, primeiro, parar de usar uma distro LTS (instale 12.10 por exemplo), e então pegar os pacotes preview mono 3.0 aqui: link
Desta forma, você ainda poderá usar o sistema de empacotamento para instalar dependências como as listadas acima, e então você pode clonar o monodevelop do github e usar a versão mais recente sem problemas.
Outra opção, caso você não queira atualizar sua distro, é instalar o mono 3.0 em paralelo com o mono 2.x que vem com a distro. Para fazer isso, você precisa ter um cuidado especial: leia atentamente este este guia .