Acabei de testar e, se você criar um arquivo TrueCrypt de 16 MB, receberá 6 MB livres se for formatado em NTFS e 15,7 MB se for formatado em FAT.
O NTFS não deve ser usado com partições tão pequenas. Está usando o journaling que o torna muito mais confiável do que o FAT, mas o journal ocupa algum espaço e será notado com uma partição tão pequena.
Você poderia usar exFAT, é melhor que FAT, mas só pode ser usado com o Vista e depois (ou XP se você instalar um patch). Se você não tiver um requisito para usar o NTFS (registro no diário ou permissões), ele fará o trabalho.
Se você precisar usar o NTFS, deixe o arquivo TrueCrypt um pouco maior.