Eu não usei, mas Sandboxie pode ser o que você está procurando. O Sandboxie executa seus programas em um espaço isolado, o que impede que eles façam alterações permanentes em outros programas e dados em seu computador.
O Sandboxie lida com as gravações por padrão e parece que há opções para controlar as leituras. Na FAQ :
It should be noted, however, that Sandboxie does not typically stop sandboxed programs from reading your sensitive data. However, by careful configuration of the ClosedFilePath and ClosedKeyPath settings, you can achieve this goal as well.
Usar o Sandboxie em combinação com um bom firewall pode fornecer o isolamento desejado.