O ^M significa que você está usando um arquivo com terminações de linha do Windows em uma máquina UNIX-y. Corrigir os finais de linha e você vai ficar bem.
Esta página no Wiki do Vim contém todas as informações que você precisa. Aqui está uma solução rápida:
:%s/<C-v><CR>//
A sequência <C-v><CR> é usada para inserir um ^M real.