Sim, é possível com um script AutoHotkey , como segue:
SetTitleMatchMode, 2
#IfWinActive, Emacs
Capslock::Ctrl
Ctrl::Capslock
#IfWinActive
Veja SetTitleMatchMode , #IfWinActive / #IfWinExist , Remapeando teclas e botões e outros documentos do AHK se você precisar ajustar o script (especialmente para combinar o título da janela Emacs ou ahk_class corretamente).