Você está definindo var3 para "C: \" e comparando os dois últimos caracteres com \ a "? Veja abaixo e esta página para ajuda na extração de subseqüência de lote.
SET var=C:\
IF %var:~-1%==\ SET var=%var:~0,-1%
@ECHO %var%
REM Output: C:
SET var2="C:\
IF %var2:~-1%==\ SET var2=%var2:~0,-1%
@ECHO %var2%
REM Output: "C:
SET var3="C:\"
IF %var3:~-2,1%==\ SET var3=%var3:~0,-2%"
@ECHO %var3%
REM Output: "C:"