Não causará dano se for isso que você está perguntando. Sua placa-mãe pode suportar o uso de ambos ou não. Se você ativá-lo e apenas os trabalhos onboard, então você sabe que o seu MB suporta apenas um de cada vez. Nesse ponto, você pode desfazer suas alterações.
Se você está desesperado para obter três monitores, mas não quer investir em uma atualização da placa-mãe, você pode obter um adaptador de vídeo USB por menos de US $ 40 na Newegg.