Isso provavelmente varia entre os sistemas operacionais. Para o cron, o crond manpage indica que há um daemon em execução em segundo plano que se ativa a cada minuto para verificar se houver uma tarefa que precise ser executada.
O Windows também tem um serviço que faz isso de acordo com essa página de suporte , embora eu não tenha ideia de sua granularidade. É provável que funcione de forma semelhante.