A nova instalação seria um pouco mais rápida devido a menos drivers instalados (pelo menos um menos para o disco rígido anterior) e o padrão do Windows 'que acontece quando você instala programas, etc. Isso será perceptível, provavelmente não.
Quanto ao clone, você deve certificar-se de estar usando o AHCI para o SSD para aproveitar o suporte TRIM (se presente) para a longevidade do seu SSD. Além disso, certifique-se de que a desfragmentação não ocorra no SSD após o clone.
Realisticamente, o clone deve ser marginal, sem diferenças de desempenho em comparação a uma nova instalação.
Eu apenas fiz isso em um laptop e o salto de desempenho da unidade 5400RPM para o SSD foi incrível. Esse foi o método preferido em comparação com a nova instalação, pois a reinstalação de programas e a configuração de perfis consumiriam muito tempo.