Na Gigabit ethernet, a negociação automática é uma parte obrigatória da especificação.
Eu suspeito que no cartão antigo, desligar "auto" desativa totalmente a negociação automática. Isso impedirá que o roteador resolva como falar com ele - ele não voltará a ser 10Mbit como a Ethernet de 100Mbit.
Se você voltar a colocá-lo em "auto", ele será full duplex mesmo assim.