Eu tive o mesmo problema. Depois de tentar muitas coisas diferentes; muitos reinstalar e reparos. A única maneira que eu era capaz de inicializar com um segundo disco rígido antigo (mbr) era fazer uma nova instalação limpa do windows 7.
Mas, eu teria que instalar o windows no meu disco rígido principal como mbr também. Isso significa que não há como inicializar meu computador com meu disco rígido principal, um gpt (uefi) e um segundo disco rígido como mbr.
Eu testei com vários discos rígidos diferentes. Quando o disco rígido principal é gpt (uefi), a única maneira de inicializar é quando o segundo disco rígido também é gpt (uefi) ou o segundo disco rígido não está particionado.
Parece que o uefi do Windows 7 ainda é muito problemático quando você deseja usá-lo com o disco rígido antigo.