Tenho certeza de que a solução da Blex funcionará, apenas certifique-se de que as duas instalações do XP estejam em partições diferentes caso contrário, você excluirá ambos os sistemas operacionais.
Para uma maneira GUI de remover a instalação (tirada de aqui ) tente:
Click Start, right click My Computer, select properties,
Click the advanced tab,
Under Startup and Recovery,
Click the Settings Button,
Under System Startup, click the Edit button,
Under [Operating Systems]
Delete the Windows XP Operating system line
It is usually the second line.
Isso removerá o segundo XP do menu do gerenciador de inicialização. Você deve então ser capaz de simplesmente excluir a segunda pasta do Windows, como você disse. AFAIK não há razão para causar problemas, mas talvez alguns dos SUs mais windows tenham uma ideia melhor?