Não deve ter efeitos negativos a longo prazo, desde que sejam desinstalados de forma limpa, no entanto, existem demasiados programas que deixam dlls, entradas de registo, etc. Um aspirador, como você sugeriu, normalmente resolveria isso.
Estou mais interessado em mac, mas estaria interessado em ver se é diferente no Windows ou em outros sistemas operacionais unix.
Eu sou um viciado em aplicativos e adoro experimentar novos aplicativos. Toda vez que eu reinstalo meu sistema operacional ou obtenho um novo computador, tento resistir à vontade de baixar aplicativos que eu não usaria. Eu faço isso porque acho que isso vai deixar meu sistema mais lento, mesmo que eu os exclua usando uma ferramenta como o AppCleaner.
Isso é algo que eu deveria estar me preocupando ou não há base real para acreditar nisso?