Embora eu esteja um pouco inseguro sobre o que você está perguntando, mas talvez precise adicionar uma linha com chdir Logfiles logo após a com mkdir LogFiles ou logo antes do @CON >> "%dirname%_LogFile.txt" . Isso faz com que o arquivo que está sendo criado no diretório atual faça isso no diretório Logfiles .
Não sei o que você está fazendo com os comandos set text name= , nem o efeito que tem% de:input rótulos duplicados pode ter.