Você não mencionou sua versão do Linux, mas supondo que esteja usando um com scripts init.d, tente algo como vim /etc/init.d/hddtemp
e mude a prioridade na linha 'chkconfig' para 99, isso fará com que seja executado praticamente no final da sequência de inicialização.
Agora, faça chkconfig hddtemp resetpriorities
para alterar o local de início da sequência. Boa sorte se você estiver em um sistema não init.d.