Cada linha de comando em um Makefile é iniciada em um processo de shell separado. Para obter um cd
para o trabalho, faça
cd $(PROJECT_FOLDER); zip -r dist/$(ARCHIVE) $(PROJECT_FOLDER)
ou seja, tudo em uma linha.
Opcionalmente, para maior clareza, você poderia dizer
cd $(PROJECT_FOLDER); \
zip -r dist/$(ARCHIVE) $(PROJECT_FOLDER)
isto é, faça uma linha lógica , mas quebre as partes em linhas físicas separadas.