Sim, é possível.
Coisas como uma grande biblioteca de música provavelmente fazem mais bem estar em um grande disco giratório. Mas você não precisa criar links simbólicos para eles. Você pode dizer ao iTunes para abrir uma biblioteca diferente da que está no local padrão, apenas segure a tecla Alt ao iniciá-lo.
Para imagens, você pode fazer a mesma coisa (o iPhoto suporta o mesmo truque de tecla Alt ao iniciar).
A maioria dos outros aplicativos não se importam ou permitem que você altere a localização de seus caminhos de armazenamento padrão. Aqueles que não o fazem, você pode muito provavelmente usar Symlinks sem quaisquer efeitos nocivos, mas YMMV.
Eu hesitaria em colocar os Aplicativos lá, já que você ganha muito desempenho ao tê-los ao vivo no SSD.