Todo site tem a capacidade de usar qualquer favicon que goste. Um servidor IIS pode usar um ícone do Tomcat, se quiser também. Estranho, mas poderia.
A maioria dos servidores da Web envia de volta alguma descrição de si mesmos quando as solicitações são feitas. Experimente o seguinte site:
Na parte superior do "O que é esse site em execução?" campo, insira o domínio do site que você está pesquisando. Você deve ver detalhes sobre o sistema operacional e o servidor. Claro, isso pode ser spoofed também, mas você pode ter uma dica.