Os diretórios acima do webroot devem ter o bit de execução configurado para permitir que o Apache desça aos diretórios.
Se você tiver sua webroot localizada em /home/user/htdocs
, o /
, /home
, /home/user
e /home/user/htdocs
deverá ter o bit de execução definido.
A solução acima "funciona", mas não é ideal. Se você criou uma pasta, o Apache não pode gravar nela. O inverso acontece também.
Isso pode ser "corrigido" configurando umask 0007 e adicionando-se ao grupo Apache (www-data, se não me engano), para que arquivos e pastas recém-criados sejam graváveis pelo grupo.
Alternativamente, você pode instalar um Apache MPM alternativo: Apache2 MPM ITK (info na configuração ) e ajuste a configuração para que o Apache seja executado sob seu usuário.