Com a ajuda dos desenvolvedores do SparkleShare, encontrei o problema (e estou aguardando uma correção oficial ao implementar uma solução alternativa abaixo).
Em ~\AppData\Roamin\sparkleshare\debug_log.txt
é o seguinte:
11:57:53 | Controller | ssh-agent started, PID=6972
11:57:54 | Auth | Imported key 'C:\Users\wmyers\AppData\Roaming\sparkleshare12-09-20 11h20.key'
11:57:54 | Auth | The following keys may be used:
2048 5f:8c:51:d7:53:d1:61:98:f6:bd:68:56:cc:ce:d2:d0 C:\Users\wmyers\AppData\Roaming\sparkleshare12-09-20 11h20.key (RSA)
11:59:18 | Fetcher | C:\Users\wmyers\SparkleShare\.tmp\media | Fetching folder: ssh://[email protected]:8110/home/storage/media
11:59:18 | Auth | Fetching host key for 176.9.40.74
11:59:20 | Auth | Skipping fingerprint check
11:59:20 | Auth | Accepted host key for 176.9.40.74
11:59:20 | Fetcher | Failed creating fingerprint: Index was outside the bounds of the array. at SparkleLib.SparkleFetcherBase.GetFingerprint(String public_key)
11:59:21 | Cmd | .tmp | git clone --progress --no-checkout --depth=1 "ssh://[email protected]:8110/home/storage/media" "C:\Users\wmyers\SparkleShare\.tmp\media"
A linha chave é aquela às 11:59:20 com "Fetcher" na frente.
Há uma correção sendo lançada oficialmente em breve, que trata da importação correta da chave SSH pública do servidor. A solução atual é copiar manualmente o conteúdo do /etc/ssh/ssh_host_rsa_key.pub
do servidor para ~\.ssh\known_hosts
na máquina cliente.
Se isso não funcionar para você, você precisa aguardar a próxima versão após a 0.9.2.
Além disso, aparentemente, isso está relacionado apenas à execução do ssh em uma porta não padrão.