O problema é que o flashplayer identifica sua tela inteira como monitores e, em seguida, reduz a escala a apenas um monitor, para que o vídeo pareça mais longo, mas menor.
Isso me deixou louco por meses até que encontrei esta solução encontrada aqui:
link
É basicamente um pequeno script do que "mentiras" para o navegador modificando as variáveis ambientais para fazer o firefox pensar que sua resolução de tela cheia é 1024x768 e não 2048x768 no meu caso (você pode configurar outras resoluções) e usar apenas um dos dois monitores. Você precisa instalar o nspluginwrapper primeiro (está no repos).
Dentro do .tar.gz, você encontrará o script e as instruções para configurá-lo. Além disso, em vez de chamar o firefox com os parâmetros toda vez, você pode fazer um pequeno script como este que eu uso e salvá-lo em seu diretório de scripts pessoais (por exemplo $ HOME / .scripts / firefox
#!/bin/bash
LD_PRELOAD=/usr/lib/nspluginwrapper/i386/linux/libfullscreenhack.so /usr/bin/firefox "$@"
Se você quiser usar o mesmo com outro navegador como o chrome ou o cromo, precisará apenas fazer um script semelhante para eles.
Boa sorte.