O OWA foi escrito para descriptografar apenas mensagens em sua própria máquina, não no servidor de email. (Principalmente devido ao óbvio - o servidor de e-mail não tem sua chave de descriptografia). Para isso, ele precisa de um 'controle' ActiveX para ser instalado, o que só funciona no Internet Explorer.
Se você não tem ou não quer usar o Internet Explorer, tente configurar um cliente de e-mail da área de trabalho, como o Thunderbird, o Windows Live Mail ou o MS Office Outlook - todos eles suportam S / MIME. (A maioria deles exige que o servidor tenha o IMAP habilitado, no entanto.)