Se a faixa foi gravada e cortada quando gravada, não é possível "corrigir" o clipe reduzindo o volume. O sinal gravado ainda exibirá o clipe, mas com um volume reduzido.
Eu estou olhando para usar -G ou -v para limitar o volume de uma faixa para evitar o clipe.
sox audio1.wav -G audio2.wav
ou
sox audio1.wav -n stat -v
1.000
sox -v 1.000 audio1.wav audio2.wav
mas nada funciona como aspectado.