Bem, as placas gráficas são rotineiramente executadas em velocidade 8x quando o SLI está em uso - provavelmente haverá uma pequena penalidade no desempenho, mas eu não acho que seja grande - senão o SLI não valeria a pena.
É um pouco maçãs e laranjas, mas com uma placa gráfica diferente (e eu acredito mais nova) - A AMD Radion HD 7970, O Anandtech mostrou muito pouca diferença prática entre x4, x8 e x16 no PCIe 3.0 (Sim, é uma versão mais nova do PCIe também. esses benchmarks são hard ) - uma vez que o PCI-e 2.0 tem metade do visual de velocidade no gráfico x4 para x8 e x8 para x16. Enquanto o seu é nvidia, é um muito mais antigo e precisaria de menos largura de banda.
Eu também sugiro fazer um benchmark com alguma ferramenta que o compare com outros sistemas similares e obtenha uma resposta definitiva. Estou adivinhando que deve funcionar de maneira aceitável na maioria das cargas de trabalho. Considerando o cenário, parece valer a pena.