Depois de procurar mais e testar vários programas diferentes, encontrei o n-Track Studio que faz o trabalho muito bem. Ele pode manipular um número arbitrário de dispositivos de entrada e permite gravar a partir deles simultaneamente. As faixas gravadas são salvas separadamente como .wav ou o que você quiser.
Ele não parece suportar muito pós-processamento, mas como uma simples ferramenta de gravação funciona muito bem. E você sempre pode fazer o pós-processamento no Audacity ou qualquer outra coisa.