Não deve haver problemas com vários kernels instalados. Na verdade, eu sei que é uma prática padrão instalar novas versões do kernel junto com as versões antigas, em vez de sobrescrever o kernel antigo enquanto ele está rodando e, assim, arriscar acabar com um sistema que não funciona após a próxima reinicialização.
Pode-se ver a aplicação sempre mantendo um kernel de trabalho verificado no lugar.