O MacPorts instala deliberadamente software que também está presente no Mac. Isso é feito para garantir que a instalação seja autônoma e que as alterações no sistema operacional central não interfiram. Esta é, geralmente, uma boa política, embora não universal.
Não há recurso para fazer o que você deseja; você poderia excluir manualmente tudo, mas isso também iria se deparar com o problema de que você agora tem dependências insatisfeitas e não pode instalar nenhuma porta que dependa, por exemplo, Python.
Se você quiser usar o modelo de uso das dependências do sistema, homebrew é a ferramenta que você deseja. Ao contrário do MacPorts, ele tem um design e uma política deliberados que usam dependências do sistema.