Você pode definir o sinalizador não copiar no arquivo PDF usando, por exemplo, pdftk (existem GUIs para ele). Você precisa definir uma senha de proprietário.
Mas, como muitos leitores de PDF ignoram sinalizadores não-cópia / não-impressão, outra opção seria converter todo o texto em caminhos vetoriais usando, por exemplo, inkscape , mas isso aumentaria muito o arquivo pdf.
Em todos os casos, o usuário pode usar o software OCR para extrair o texto, para que não haja uma solução segura.