O desinstalador do VMware Fusion funciona como a maioria dos desinstaladores: desinstala todas as partes do programa, mas não os dados que você criou com ele (nesse caso, as máquinas virtuais que você criou). Se você também quiser excluir as máquinas virtuais, basta arrastá-las para a Lixeira; Eles geralmente estão na pasta Máquinas Virtuais na pasta Documentos em sua pasta pessoal.