Pode valer a pena experimentar as ferramentas GUI que o Ubuntu oferece para ver se elas são inteligentes o suficiente para endereçar o script que está sobrescrevendo suas mudanças.
Este link aborda a adição de coisas como fontes de CD através do gerenciador de software do Ubuntu, mas tenho certeza que você pode descobrir como usar as instruções para removê-lo. link