Acredito que você precisará reformatar a partição para alterar sua diferenciação de maiúsculas e minúsculas.
Edit: Na verdade, acabei de encontrar esta pergunta , que é um problema muito parecido. Parece que algo chamado iPartition funcionou para mudar uma partição de maiúsculas e minúsculas para maiúsculas e minúsculas, e eu presumo ele poderia fazer o inverso também, já que o que você precisa fazer é realmente mais simples.