Se você tiver o VMWare Linux Tools instalado no Guest, ele sincronizará o horário da VM com o horário do Host por padrão (acredito que esteja ativado por padrão), independentemente das configurações do NTP.
Edite o arquivo .vmx da sua VM e adicione / altere tools.synctime = "FALSE" .
Acredito que você também possa alterná-lo via GUI se tiver o aplicativo VM-toolbox X instalado.