Problema mais provável: há um grande número de diretórios e arquivos que nem mesmo as contas de administrador têm acesso, especialmente nas árvores ProgramData e Windows . Sem fazer algo especial, a maioria dos programas de análise espacial não irá contabilizar corretamente o espaço que está usando.
Usar programas de análise de espaço na pasta do Windows já é repleto de problemas. As pastas são densamente vinculadas, e muito poucos programas (incluindo o próprio Explorer) podem lidar com isso corretamente. Na verdade, o único que eu conheço de improviso é a ferramenta du.exe da Sysinternals, quando passou a flag -u .
Se você quiser saber quanto espaço realmente é usado / livre, verifique as propriedades da própria unidade com o Explorer. Tentar analisar o uso do espaço da unidade do sistema com outras ferramentas pode fornecer informações enganosas, a menos que você saiba como interpretá-las - o que não é muito simples.