O único conflito que eu posso potencialmente ver é o arquivo "autorun.inf", este é o arquivo que informa ao computador qual arquivo deve ser iniciado automaticamente. Se você não está preocupado em ter que iniciar manualmente os instaladores, não vejo nenhum motivo para você não colocar os instaladores em pastas separadas no CD e excluir os arquivos "autorun.inf" conflitantes.