Não; particionar um array de raid não afeta o desempenho, quando feito corretamente. As ferramentas de particionamento mais antigas não tinham cuidado com o alinhamento e, portanto, podiam criar partições que não estavam alinhadas à largura da faixa, mas as ferramentas atualizadas deveriam lidar com isso automaticamente.
Além disso, sugiro usar o LVM para gerenciar a matriz de invasão em vez de uma tabela de partição convencional. Ele oferece muito mais flexibilidade.