Você terá que compactar todos os arquivos e depois descompactar os que não deseja compactar, ou colocar os arquivos que não deseja compactar em diretórios separados e, em seguida, não selecionar esses diretórios ao escolher arquivos / pastas para ser comprimido.
O Windows não fornece um recurso para marcar um arquivo para "não ser compactado".