Você não deve usar links para backups. Os hardlinks são apenas uma referência ao arquivo 'real', portanto você não pode usá-los para criar várias cópias. No entanto, acho que, no seu caso, não estamos falando de backups.
Se você quiser manter apenas uma cópia de cada arquivo (para economizar espaço em disco), mas precisar acessar esse arquivo em pastas diferentes, use os hardlinks. Apenas tenha em mente que, se algo acontecer ao arquivo original, você não terá outra cópia.