Eu finalmente encontrei a solução. Na verdade é muito fácil.
Use o Regedit aberto HKLM / Software / Microsoft / .NETCompactFramework, exclua a chave denominada 3.5.xxxx.xx (x sendo qualquer dígito)
Execute o .NET 3.5 deploy CAB no windows ce. O .NET3.5 irá instalar como nunca foi instalado antes.