Eu estava passando pelo mesmo problema e percebi que isso era um problema com o foco sendo roubado pela janela subjacente através do pequeno espaço entre a barra de tarefas e o menu pop-up, porque quando eu movia o mouse muito rápido, estava ficando para o pop up sem que ele desapareça. A solução que funcionou para mim foi ir para:
Painel de Controle - > Central de Facilidade de Acesso - > Alterar o funcionamento do mouse
Aqui, desmarque a opção "Ativar uma janela passando o mouse sobre ela"
Funcionou para mim.
Eu lembro que eu tinha essa opção desativada antes do problema ser iniciado, então algum aplicativo que eu instalei deve ter ativado.
Espero que isso ajude.