O FFmpeg é outra ótima opção. Você pode compilar você mesmo ou pegar os binários do Windows pelo link .
Supondo que todos os seus arquivos wma estejam no mesmo diretório, você pode executar um comando em lote como
FOR %I IN (*.wma) DO <path to ffmpeg.exe> -i "%I" "%I.mp3"
no diretório que contém todos os seus arquivos wma.