Isso não se aplica ao Linux, mas usamos o App-V da Microsoft. Os aplicativos virtuais podem ver unidades mapeadas, impressoras etc., assim como os aplicativos instalados. Além disso, servimos milhares de clientes de um servidor de 2.8 GHz quando começamos em 2007.
Sua milhagem pode variar dependendo do software de virtualização escolhido, mas espero que isso ajude em um sentido geral de virtualização de aplicativos.