O Microsoft Virtual Server é executado como um programa de software na máquina e fornece virtualização como um programa regular (tudo de maneira eficiente e eficiente). Então, você roda o Windows, o Virtual Server roda como um programa no topo do Windows e qualquer VM roda dentro dele.
O Hyper-V, por outro lado, é um HyperVisor, ele fica em um nível muito baixo no sistema e, usando uma interface de gerenciamento, você se comunica diretamente com ele. Mesmo a cópia original do Windows em que você instala o recurso do Hyper-V (se não estiver usando o Hyper-V Server independente), torna-se uma máquina virtual na parte superior do hipervisor (com privilégios especiais).
O Hyper-V e outros programas de virtualização baseados em hipervisor são o futuro - eles oferecem desempenho, confiabilidade e outros recursos muito melhores.